주토피아 마이크로사이트는 주토피아의 신비로운 실종 사건을 탐구하는 사이트로 사용자가 사건 해결을 위한 단서를 발견하고 관련 정보를 쉽게 탐색할 수 있도록 설계되었다. 각 지역의 특성을 살린 단서들을 통해 주토피아의 매력을 경험하게 하였으며, 참여감을 높이는 것을 목표로 하였다.